Het christendom deed al vroeg zijn intrede in Alexandrië, vanuit Syrië en Judea. Volgens de overlevering gebeurde de kerstening door de evangelist Marcus. De patriarchen van Alexandrië beschouwen zich dan ook de opvolgers van Marcus die volgens hen de eerste bisschop was. In 312 AD (Edict van Milaan) werd het christendom een toegestane godsdienst van het Romeinse Rijk en in 385 de staatsgodsdienst. Egypte maakte - sinds 323 n. Chr. - deel uit van het Oostelijke gebied van het inmiddels gesplitste Romeinse Rijk (later bekend als Byzantijnse Rijk).

In 391 n. Chr. kwamen er wetten die de oude Egyptische gebruiken verboden en de sluiting van de tempels oplegden. Aangemoedigd door gedreven priesters en bisschoppen, die het heidense verleden (toen nog dominant aanwezig in het Egyptische landschap) wilden uitwissen, trokken periodiek golven van verwoesting over het land, waarbij graftombes werden geplunderd, muren van oude monumenten werden afgeschraapt en beelden werden omgeduwd.

In onder andere Wadi Natroen en Aboe Mena leefden veel heremieten, die later bekend werden als de woestijnvaders.

In de 4e en 5e eeuw werden vele oude tempels op de westoever van Thebe omgebouwd tot kloosters. Hatsjepsoets herdenkingstempel werd omgedoopt tot Deir el-Bahri. De tempel van Ptolemaeus werd omgedoopt tot Deir el-Medina. De herdenkingstempel van Ramses III (Medinet Haboe) werd gebruikt als kerk. Dit was ook het geval voor de binnenplaats van Amenhotep III in de tempel van Luxor. In het midden van de 6e eeuw werd binnen de tempel van Hathor in Dendera een nieuwe kerk gebouwd.

In de 4e, 5e en 6e eeuw waren er opeenvolgende geschillen tussen de patriarchen van Alexandrië (Cyrillus en Dioscurus) en deze van Constantinopel (Nestorius en Eutyches). De richtlijnen uit Constantinopel werden in Egypte steeds meer als bemoeizuchtig en onderdrukkend ervaren en als reactie daarop werd de Koptische kerk steeds meer een nationale kerk met zeer uitgesproken liturgische, theologische en spirituele kenmerken. Tenslotte werd zelfs het Grieks, de taal van de byzantijnse 'onderdrukkers', verworpen en werd de toenmalige Egyptische volkstaal, het Oudegyptisch oftewel het demotisch, als kerkelijke taal aangenomen. De oudegyptische taal ontwikkelde zich in de loop der tijd tot het moderne koptisch. In de liturgie wordt nog steeds het Koptisch gebruikt.
Koptisch-orthodoxe kloosterkerk nabij Wadi Natroen.

De eigenlijke oorsprong van de Koptisch-orthodoxe Kerk gaat terug tot het Concilie van Chalcedon in 451. De Koptische kerk verwierp de uitspraken van dit concilie en scheidde zich uiteindelijk af van het Patriarchaat van Alexandrië dat als verlengstuk van Constantinopel werd gezien. Hiermee verloor de Oosters-orthodoxe Kerk bijna al haar leden in Egypte. Veel had te maken met de voortdurende strijd tussen de patriarchen van Constantinopel en Alexandrië. Politieke elementen hebben zeker ook meegespeeld. Volgens de kopten beoogde dit laatste concilie de politieke overheersing van het Byzantijnse Rijk. Inderdaad stond Constantinopel meestal vijandig tegenover de Koptische onderdanen en geregeld werden er zelfs door de Byzantijnse overheid vervolgingen uitgevoerd om de 'ketters' terug te voeren naar de orthodoxe 'moederkerk'.

Na de Arabische inval (639-642) en de vlucht van de laatste melkitische patriarch naar Constantinopel kon de Koptische (monofysitsiche) Benjamin I (626-665) de patriarchaatszetel innemen. De verovering door de Arabieren resulteerde niet in een onmiddellijke islamisering van Egypte omdat de christenen de Arabieren als 'bevrijders van het Byzantijnse juk' zagen en hen aanvankelijk verwelkomden. Reeds onder de Omajjaden-dynastie (658–750) bleek echter, dat de islamieten de Kopten niet gunstig gezind waren. De Kopten, die toen nog in de meerderheid waren, probeerden in zes opstanden tussen 725 en 773 zich van het Arabische juk te ontdoen. Sinds de islamitische overheersing waren ze lange tijd gedwongen tot het dragen van een bijzondere dracht (donker gewaad met blauwe of zwarte tulband). De christenen bleven minstens tot aan het einde van de negende eeuw in de meerderheid. Geleidelijk namen de tot de islam overgegane Koptische christenen het Arabisch over als omgangstaal. Dit was overigens geen al te grote breuk met het Oud-Egyptisch uit de tijd van de farao's want het Oud-Egyptisch is verwant aan het Arabisch. Het Arabisch dat in het moderne Egypte gesproken wordt, ook wel Arabisch-Egyptisch genoemd, heeft overigens veel leenwoorden uit het Koptisch overgenomen.

Onder de Fatimiden (969-1171) werd het lot van de christenen iets draaglijker, maar rond 1000 woedden er onder de kalief al-Hakim weer bloedige vervolgingen, waarbij veel kerken verwoest werden.

Onder patriarch Christodulos (1047-1077) werd de patriarchaatszetel van Alexandrië naar Caïro verlegd. Tijdens de nieuwe vervolgingen onder de Mamelukken (1250-1517) werd het merendeel van de kerken en kloosters verwoest. Het aantal bisdommen daalde toen ook tot twaalf. Na 1300 moest het Koptisch als taal wijken voor het Arabisch.

Verder naar het zuiden, in Nubië, handhaafde het christendom zich veel langer (zie 1484).

Sinds Mehemed Ali (1805-1849) was er officieel geen discriminatie van de Koptische christenen, maar in de praktijk veranderde er weinig ten gunste van de Kopten.

In de nieuwere tijd deed patriarch Cyrillus IV (1854-1861) een poging tot kerkelijke hervorming die mislukte. Ook de invoering van een lekenvertegenwoordiging onder Cyrillus V (1874-1927) bracht geen verandering binnen de Kerk. Wel ontstond er een belangrijke theologische literatuur en in 1954 werd het Koptisch Instituut opgericht.

Sinds 1959 is de Ethiopische Kerk onder een eigen patriarch onafhankelijk van de moederkerk in Egypte, waarmee zij zich echter sterk verbonden voelt.

Tegenwoordig maken de Kopten 6 tot 20 % van de Egyptische bevolking uit